מי הגה את רעיון המבצע כמו בכל מבצע שהצליח וזכה לתהודה עולמית גדולה, כך גם מבצע "אנטבה" שבוודאי הוא אחד מן המבצעים המפוארים שידעה המדינה, יש אבות רבים. בכירים בצבא כמו גם בממשלה ואף בני משפחת נתניהו, טענו לאורך השנים, עם בספרים שהוציאו ואם במאמרים שהעניקו לתקשורת, לאחריותם הכמעט מלאה ובוודאי הבלעדית, על המבצע והצלחתו, תוך שהם ממעיטים ככל האפשר את אחריותם של האחרים.
מוטה גור, שהיה אז רמטכ"ל, פרסם ,לאחר שנים רבות בסדרת "עזית הכלבה הצנחנית" שלו, את "עזית באנטבה" (1995), ובו הוא מתואר את עצמו כיוזם הבלתי מעורער של המבצע . גור לא הספק בכך וחיבר שורה של מסמכים שהופיעו לאחר מותו בספר ראש המטה הכללי (1998) שבהם הודגש מקומו המרכזי של הרמטכ"ל ביוזמה ובביצוע המבצע.גם בכתביו הוא לוקח את הקרדיט על עצמו.. את דבריו אלה סותר אביגדור שחן בספרו הוא בטענה כי ל מוטה גור היה תפקיד משני ביותר בכל המבצע וכי הוא בהחלט לא יזם אותו אהוד ברק. בתשדירי הבחירות של מפלגת העבודה, אמר שמעון
פרס כי תוכנית שחרור בני הערובה באנטבה היתה של ברק. בנימין ובעיקר עידו נתניהו (בספרו "הקרב האחרון של
יוני". (1991), בכתבים אשר הוציאו לזכרו של אחיהם יוני, שמים דגש על מרכזיותו של יוני במבצע ומיחסים לו את הגות הרעיון כפי שבוצע. מוקי בצר בספרו האוטוביוגרפי "חייל סודי" שיצא לאור באנגלית בשנת 1996,
טוען שהוא זה אשר הגה את הרעיון והחל בתכנונו. בגרסתו שלו תומך גם אביגדור שחן אשר כתב את הספר "מבצע
כדור הרעם" (1993). בני פלד מספר כי "עוד באותו לילה הצגתי לשמעון פרס, שהיה אז
שר הביטחון, את התוכנית. פרס אמר לי: ''בני, זאת תוכנית שרלטנית, מסוכנת ופזיזה, בלי סיכוי להצלחה''. אחרי זה הוא כמובן אכל את הכובע. כדי להדגים לו שזה אפשרי, לקחתי אותו לטיסה בלילה חשוך, כדי להוכיח לו שאפשר לנחות על מסלול לא מוכר ללא אורות. הוא, הממזר, עמד מאחורי הטייסים וכשהם כמעט נגעו במסלול, כשהיה ברור כבר שאפשר, טפח לטייס המשנה על הגב ואמר לו: ''ידעתי שתצליחו לעשות את זה". גם אתר חיל הצנחנים טוען כי בני פלד הגה את הרעיון להשתלט על שדה התעופה באנטבה בעזרת כוח אווירי. אביגדור שחן בראיון שהעניק לאלי אשד אומר כי מוקי בצר ואהוד ברק החלו בתכנון המבצע. לדבריו היו אלה קבוצת קצינים בדרג נמוך שהובילו והתמידו בתכנון כמעט על דעת עצמם בשלושת ארבעת הימים הראשונים. על פי דבריו הכילה חבורה זו כ-10-15 קצינים בדרגות סרן, רס"ן, וסא"ל שייצגו את שלוש הזרועות של צה"ל: חיל הים, חיל רגלים וחיל אוויר. הוא מונה את ברק כמנהיג החבורה. מי תכנן אותו גם כאן אבות רבים לתכנון, אך האם זה נבע מכך שבעצם ביומיים הראשונים הוגשו מספר תוכניות. הצנחת כוח קטן של השייטת, מצויד בסירות גומי, לאגם ויקטוריה, שישתלט בחשאי על המחבלים; הנחתת לוחמי קומנדו באנטבה מתוך מטוס המוסווה כמטוס אזרחי; הצנחת צנחנים סמוך לשדה לצורך השתלטות עליו, הנחתת מטוסי הרקולס עמוסי חיילים לצורך כיבוש השדה. דן שומרון בכתבה שהתפרסמה במעריב ב- 17/01/01כי הוא זה אשר הציע את המבצע ולא אהוד ברק. בכתבה אחרת הוא אומר כי היה מתכנן המבצע, והוא קרא לו מבצע "כדור הרעם". התכנית הייתה להטיס כוח לוחמים לאנטבה. הכוח יתקרב למקום, שבו היו החוטפים ובני הערובה, תחת מסווה של כוח חיילים אוגנדים. הכוח, שיועד לצאת למבצע, ביצע תרגול בדגם של שדה התעופה של אנטבה, ולאחר מכן קיבל המבצע אישור מהממשלה. מפקד טייסת ההרקולסים, יהושע (שיקי) שני, מספר כי למן הרגע הראשון ידע כי יזדקקו למטוסיו על מנת לבצע את המשימה ועל כן החל מיד בתכנונה. עומר בר לב שנמנה על אנשי הסיירת ואף פקד עליה טוען בכנס לניהול באוניברסיטת תל אביב, על "פעולה ותכנון" (מדבריו הביא אמיר בוחבוט ב-24/06/2007), כי כל המבצע תוכן באופן רשלני מתחילתו ועד סופו. מה חלקו של רבין במאמרו , מבצע החילוץ שהדהים את העולם כותב חיים איסרוביץ כי רבין התנגד בתחילה לאשר מבצע צבאי והעדיף יצחק רבין, ראש הממשלה, החל במשא ומתן על שחרור המחבלים באמצעות שליט אוגנדה אידי אמין, ששיתף פעולה עם המחבלים. המשא ומתן האריך את הזמן, שנתנו החוטפים לישראל עד ה־4 ביולי, בשעה 13:00. זמן זה אפשר לתכנן פעולה צבאית במקביל למשא ומתן. שר הביטחון שמעון פרס בספרו על המבצע "יומן אנטבה" (1991), תיאר איך בישיבת הממשלה רבין היה מתוח וניסה לשכנע את השרים כי "היו כבר תקדימים שבהם ישראל נכנעה" מכתביו של מוטה גור עולה כי רק בשבת בעקבות החלטת ממשלה, מוכן רבין לשקול את המבצע הצבאי. מה חלקו של שמעון פרס במרבית המקומות נאמר כי מתחילה הפרשה לחץ פרס שהיה אז שר הבטחון למבצע צבאי. רבין אמר על פרס כי "53 שעות לאחר שנודע לנו על חטיפת המטוס, עדיין לא עשה שר הביטחון את המינימום, הנגזר מחובתו: שיחת בירור עם הרמטהאפשרויות הצבאיות לחלץ את החטופים", וכי אחרי הפעולה הזין דוברו של פרס את כתבי החוץ במידע "שרבין התנגד כל הזמן לפעולה צבאית ורק עקשנותו של פרס, שתמך בפעולה הזאת מן הרגע הראשון, אילצה את רבין להסכים" ("פנקס שירות", 1979). מכתביו של מוטה גור עולה כי דווקא שר הביטחון היה זה אשר חפש וביקש את האופציות הצבאיות למן תחילת הפרשה.
סיכומים נוספים אודות מבצע "כדור הרעם" - 3