לאיזה ארגונים השתייכו המחבלים. שני המחבלים הפלשתנים היו מאנשיו של ודיע חדאד, מפקד הזרוע המבצעת של "החזית העממית לשחרור פלשתין"
ושני הגרמנים היו חברי ארגון "באדר-מיינהוף", אחרים מציינים כי הגרמנים היו חברי "תאי המהפכה" חיל התיקשוב באתרו הרשמי מציין כי ארבעת החוטפים השתייכו לארגונו של ודיע חדד כל מקורות האינטרנט מציינים כי באנטבה הצטרפו אל החוטפים עוד מחבלים נוספים רובם מציין כי נוספו עוד ארבעה, אך לעומת זאת קברניט המטוס הצרפתי בראיונות שערך לציון שלושים שנה למבצע טוען כי בבנגאזי נוספו עוד 4 מחבלים פלשתינים מתי המריאו מבנגאזי. כל המקורות כולם מציינים כי המטוס החטוף המריא מבנגאזי עוד באותו היום. הסתירות הן רק במספר השעות בהם חנה המטוס בשדה התעופה שם. יש המציינים כי הוא רק תידלק ויש האומרים כי חנה שם מספר שעות. משום שידוע שהמטוס נחת באוגנדה טרם שחר ניתן להניח כי הוא אכן חנה בבנגאזי מספר שעות. מתי בוצעה ה"סלקציה" בין
הנוסעים היהודים לזרים. בספר 90 דקות באנטבה מובאים ציטוטים מתוך יומנים שניהלו הנחטפים ושם מתברר שעוד ביום הנחיתה באנטבה נעשתה הסלקציה בין היהודים ללא יהודים והם הושמו בחדרים נפרדים של הטרמינל הישן. הסלקציה על פי האתר הרשמי של חיל
האוויר בוצעה ביום השלישי לחטיפה, קרי ב-29 ליוני וכך גם מופיע הדבר במקורות נוספים למעשה שני הציונים האלה נכונים. את ההפרדה הראשונה עשו באמת ביום הראשון, אך החיזוק ל"סלקציה" ניתן כאשר רק הנוסעים הלא יהודיים שוחררו. האם שוחררו הנוסעים הלא יהודיים בפעם אחת או יותר? חיים איסרוביץ כותב ב-nrg , 30 שנה למבצע, כי ב-29 ביוני, היום השלישי לחטיפה, שחררו המחבלים את הנוסעים הלא-יהודים במטוס. קברניט המטוס, מישל בקוס, סרב לעזוב בטענה שהוא אחראי לשלומם של כל הנוסעים, ועל כן הוא וצוותו נשארו במקום עם החטופים היהודים. על פי הדבריים שכתב מוטה גור בכתביו שוחררו הנוסעים הלא יהודיים בשתי קבוצות. האתר הרשמי של חייל האוויר כותב: ביום השלישי לחטיפה נערכה סלקציה בין הנוסעים, ונוסעיו הלא-יהודים של המטוס שוחררו. מתי החלו בתכנון המבצע חיים איסרוביץ כותב בnrg מעריב 27/6/2006 11:01 מיד עם קבלת הידיעה על החטיפה החל צה"ל לתכנן כמה תוכניות אפשריות לחילוצם של הנוסעים - הצנחת כוח קטן של השייטת, מצויד בסירות גומי, לאגם ויקטוריה, שישתלט בחשאי על המחבלים; הנחתת לוחמי קומנדו באנטבה מתוך מטוס המוסווה כמטוס אזרחי; הצנחת צנחנים סמוך לשדה לצורך השתלטות עליו, או הנחתת מטוסי הרקולס עמוסי חיילים לצורך כיבוש השדה. האתר הרשמי של חיל האויר כמו גם האתר הרשמי של הצנחנים מציין אומנם כי מרגע התקבל הידיעה על חטיפת המטוס נכנסה סיירת מטכ"ל לכוננות וכי כבר מלכתחילה היה ברור שלחיל-האוויר יהיה תפקיד מרכזי בחילוץ הנוסעים החטופים. מספר תוכניות חילוץ תוכננו אז במקביל: הצנחת כוח קטן של השייטת, מצוייד בסירות גומי, לאגם ויקטוריה, שישתלט בחשאי על המחבלים; הנחתת לוחמי קומנדו באנטבה מתוך מטוס המוסווה כמטוס אזרחי; הצנחת צנחנים סמוך לשדה לצורך השתלטות עליו, או הנחתת מטוסי הרקולס עמוסי חיילים לצורך כיבוש השדה. חיל האוויר אבל מוסיף סתירה למאמר כאשר הוא מציין בהמשך כי מבצע "כדור הרעם" יצא לדרך 48 שעות מרגע תכנונו חיל התקשוב לעומת זאת אומר כי ההנחיות למבצע ניתנו בבוקרו של ה-1 ליולי בספרים אשר פרסמו בני משפחת נתניהו, על אף שמוזכר כי נערכו כבר דיונים בנושא חילוץ השבויים, הרי שלדבריהם רק ביום חמישי עת שב יוני ליחידתו הוחל בתכנון. מפקד טייסת ההרקולסים, שיקי שני, מספר לבטאון חיל האויר כי כבר ביום ראשון בערב הם החלו לתכנן את המבצע וביום רביעי כבר היתה בידם תוכנית מפורטת.