המחנה שימש בתחילה לפושעים פליליים.
המחנה היה מורכב משלושה חלקים עיקריים כמו בכל מחנה א. מחנה עבודה. ב. מפקדה. ג. מגורי הסס. מחנה
האסירים היה מחולק לשלושה חלקים עיקריים שכל אחד מהם היה מחולק לצריפים ששימשו לצרכים שונים. ב 1942 הותקן במאוטהוזן תא גז ששימש להשמדה, למרות שהמחנה לא הוגדר רשמית כמחנה השמדה. שיטות ההשמדה בגז לא היו משוכללות ולעיתים מתו האסירים מחנק ולא מגז.
אסירים הומתו גם במשאיות גז ובמתקני ההמתה בגז של מבצע המתת חסד. העבודות שבהם הועסקו האסירים בתקופה הראשונה של המחנה היו קשות וללא תנאי עבודה מתאימים – טכניים. הצריפים היו קטנים יותר מדכאו. עד
פרוץ המלחמה היחס כלפי האסירים היהודיים והלא יהודיים היה נסבל – הם הורשו לקבל מותרות כמו ריבה סיגריות ושומן. מפקדי המחנה – אנשי סס בדרגת שונות. יש לציין כי אנשי הסס נהגו בהתעללות קשה באסירים ובסדיזם ואלה היו חלק מחיי היום יום של המחנה. אסירים פליליים כיהנו גם הם בתפקידים מנהלתיים במחנה. אלה היו בעיקר רוצחים ופושעים רציניים. המחנה בשנים הראשונות למלחמת העולם השנייה 1939 עד 1942 עם פרוץ המלחמה חלה הרעה בתנאי החיים במחנה. אנשים רבים קפאו למוות או שחלק מאיברים קפאו ונקטעו. לאחר פרוץ המלחמה החלו להגיע
למחנה גם אסירי ארצות כבושות – לא רק יהודים. למרות שמספר האסירים במחנה הלך וגדל מאז פרוץ המלחמה, ניתן לראות כי בשל התמותה הרבה שהייתה, מספר האסירים ברגע נתון במחנה היה קטן בהרבה ממה שצוין בספר המספרים של המחנה.
מחנה מאוטהוזן לא נחשב למחנה השמדה אך הוא היה מחנה הריכוז הקשה ביותר למחנה זה נשלחו אסירים שחזרתם אינה רצויה ושאין סיכוי כי יחזרו למוטב – פושעים פליליים ובעלי התנהגות לא רצויה. שיטת ההשמדה במחנה הייתה באמצעות עבודה שהתבצעה במחצבה. תיאור העבודה במחצבה נמצא בעמ' 82 כמו כן הומתו האסירים ביריות ובאמצעות זריקות רעל. שיאה של ההשמדה במחנה היה ב1943. המחנה בשנות המלחמה האחרונות מספר האסירים הלך וגדל במשך השנים וב 1945 קצת לפני השחרור היה מספר האסירים 84.500 אסירים. הגידול העצום במספר העצירים החמיר את התנאים הפיסיים – המזון המגורים והתברואה – אך הקטין במידה מסוימת את מדיניות הרצח – בעיקר בשל הצורך בעובדים בתעשייה הצבאית. ואכן מרבית האסירים מ 1943 נשלחו לעבודה במפעלי תעשייה צבאית. שחרור המחנה ב 5 במאי 1945 שוחרר המחנה על ידי יחידה מחייל הרפואה של צבא ארצות הברית. יחידות הצבא שהגיעו תיארו את המחנה ומה שהתרחש בו כמראה מזעזע שלא נראה כמוהו עד כה. מספר האסירים שנספו במחנה היה 119,000 ומספר היהודים המשוער היה מעל ל 38,000 גם לאחר השחרור מתו פליטים רבים בבתי החולים ובמחנה עצמו מרעב, מהתמוטטות פסיכולוגית או מהתאבדות. היהודים במחנה היחס ליהודים היה הגרוע ביותר. הם הוכנסו לצריף מיוחד – צריף היהודים שהתנאים בו היו הגרועים ביותר מכל הצריפים. הם נאלצו לשאת משקל רב של אבנים ועברו מסע של השפלות אכזריות – אילצו אותם לזחול כדי לקבל אוכל שהונח מטרים לפניהם ולעיתים בהגיעם עד למזון היו שופכים אתו לארץ והאסירים היו נאלצים ללקק אותו מן האדמה. אסירים רבים אולצו לקפוץ מהצוק וכך הומתו מרבית האסירים שחיו בצריף 1200 איש במספר. מי שסירב לקפוץ נורה או שהוזרק לו פנול ללב. מ 1941 עד סוף 1943 היו במחנה 2760 יהודים ומהם נספו 2720. השאר נשלחו לאושוויץ ולמחנות אחרים. ב1944 חל שינוי במצבם של היהודים ורבים מהם נשלחו לעבודה בשל הצורך בידיים עובדות. ב 1945 הגיעו למחנה אלפי יהודים. המחנה היה ממילא עמוס. במחנה אוהלים אחד שוכנו למשל 20 אלף יהודים והתנאים הפיסיים והתברואתיים בו היו איומים שכן המחנה לא הוכשר ללינה, לא היו בו מים זורמים ולא שירותים. התמותה במחנה זה הייתה עצומה. ב.האסיר מגיע למחנה – ההלם הראשון כבר מהרגע שהגיעו האסירים למחנה ברכבת הם הוכו והיחס כלפיהם היה נורא. כדי להגיע למחנה עצמו הם היו צריכים לצעוד מרחק של ארבעה קילומטרים. מראה המחנה שנגלה לפניהם מעבר לחומות היה מפחיד. האסירים היו מופשטים מבגדיהם, חפציהם היו נלקחים והם אולצו לעמוד שעות עירומים בקור עז. לאחר מכן הם עברו מקלחת וקיבלו בגדים אחרים. לאחר המקלחות ועד לקבלת הבגדים היו מכים ביהודים נאציים באמצעות צינורות גומי כשהם רטובים. רטובים הם סולקו מהמקלחות. רבים למשל מתו כשהם ממתינים ערומים בשלג. השלב הבא היה רישום. כל אסיר קיבל מספר שנתפר על בגדיו והוטבע על גבי דסקית שנקשרה לצווארו או לידו. כמו כן הוטבע משולש צבעוני על הבגד. צבע המשולש היה עפ סיווגו של האסיר מאותו זמן ואילך פנו אל האסירים במספרם. לאחר הרישום הועברו האסירים לקרנטינה – צריפי ההסגר הרפואי. האסירים שכבו על רצפת העץ הלחה שבצריף. האסירים בצריפים אלה לא הוצאו לעבודות והועסקו רק במקרים מעטים בעבודות מזדות. היחס כלפי האסירים היה נוקשה במיוחד והמשמעת חמורה. צריפי היהודים היו הגרועים ביותר והם נאלצו לישון בתנאים קשים מאוד. למשל הם ישנו במרווחים מאוד מצומצמים אחד ליד השני כך שאם אחד היה קם ממקומו כבר לא היה יכול לחזור ולישון. ג. סדר היום השכמה האסירים היו מתעוררים למשמע משרוקיות שקרעו אותם משנתם. היו כאלה שתיארו את שלב היקיצה כשלב הטראומטי ביותר שהיו חווים האסירים מדי יום מחדש. המפקד אחד האירועים המרכזיים ביותר בסדר היום של האסיר. זקן כל צריף מסר לסס את רשימת האנשים וכשאלה בדקו אם הנתונים תואמים והכל התנהל כשורה שוחרר המפקד. לעיתים המפקדים ערכו שעות ובמהלכם ניתנו לאסירים פקודות שלעיתים היו קשות לביצוע. לאחר המפקד יצאו האסירים לעבודה. שעות הערב עד השעה 2045 היה לאסירים זמן פנוי בו הם יכלו להתרחץ, לחפש מזון, ללכת למרפאה וכו'. בשעה 2100 היה כיבוי אורות. סדר היום של האסירים היה קבוע ונוקשה. אסירים שחרגו מן הכללים נענשו בחומרה עי מלקות או עי עונש מוות.
סיכומים נוספים אודות 08 - בימי שואה ופקודה: חיי היהודים תחת השלטון הנאצי