טיפול במחלה בבעיות העיכול של
החולים בסיסטיק פיברוזיס קל בדרך-כלל לטפל, וזאת באמצעות תרופות ותוספי מזון. כאשר
ישנן בעיות בלבלב, התוסף העיקרי הוא אנזימי עיכול, אותם נדרשים חולים רבים ליטול (בצורת גלולה) עם כל ארוחה; הללו מפצים על אנזימי
העיכול מהלבלב אשר אינם מסוגלים להגיע למעיים, ומסייעים בעיכול המזון.
תרופות מסוימות מדללות וממיסות את הריר הסמיך, ומקלות על החלק מהתופעות שהוזכרו לעיל, במיוחד במקרה של חסימת מעיים. לעתים יש להשתמש בחומרים משלשלים או בחוקן. לטיפול בבעיות הנשימה מקבלים החולים טיפול קבוע באנטיביוטיקה, אשר ניתנת בכדורים לבליעה, באינהלציה ובמקרים חמורים גם ישירות לדם. רבים מהחולים מקבלים תרופות נוספות באינהלציה; אשר ממיסות את הריר בריאות. במשך השנים השתכללו התרופות וכיום הן מקלות בצורה ניכרת על הנשימה. החולים מקבלים אף טיפול באמצעות פיזיותרפיה נשימתית, העוזרת להוצאת הריר מהריאות. כיום מקובל לשלב את הטיפול עם פעילות גופנית, שמשפרת את תפקודי הריאות ועוזרת לניקוז הריר.