"אני חושב- משמע אני קיים"- תהליך הטלת הספק של דקראט

בספרו "הגיונות", מבקש דקארט להוכיח שתי טענות: האחת, מציאות האלוהים; והשנייה, הישארות הנפש לאחר המוות. לשם כך בוחן דקארט באופן שיטתי את כל דעותיו ואמונותיו שהתגבשו עד כה, ובתוך כך, כפירה גם בסמכות הכתובים, במאגרי הדעת ובמסורת התרבות האירופית, כפי שנתגבשה במהלך ימי הביניים והרנסנס. בהקדמה לספרו, חוזר ומדגיש דקארט (לאחר שטען זאת כבר ב"איגרת")  כי ישנה חשיבות יתרה לאופן הצגת הראיות ולמקומם במאמר, היינו- חשוב במיוחד סדר הגילוי של הדברים, סדרו של שיקול הדעת. מכאן שהחיבור מופנה אך ורק לבעלי התבונה. חסרי הדעת לא יוכלו להבין את פשרו משום שהוא כתוב ב"שפה" של התבונה.
השלב הראשון בתהליך גילוי האמת, על פי דקארט, הוא הטלת ספק בכל מה שאינו בגדר אמת ודאית. תהליך הטלת הספק בראשיתו הוא בבחינת מרד בכל דעה או אמונה שהתקבלו מאחרים ותהא סמכותם גדולה ככל שתהא. כל אדם יכול להחליט בעצמו לגבי תוקפן של טענות, למעשה, הוא חייב לעשות כן. דקארט מבקש להטיל ספק גם בכל דעה שאינה ודאית, שהוא אינו יכול להיות בטוח, באופן ודאי, שהיא אמיתית. כמו כן, תהליך הטלת הספק חייב להיות שיטתי- הוא חייב להתחיל מהיסוד ולהקיף את כל סוגי הטענות הקיימים. השיטה חייבת להיות ללא דופי על מנת לתת תוקף ודאי לטיעון העיקרי של החיבור. דקארט מציג ארבעה טיעונים שניתן להטיל בהם ספק: הטיעון על סמך טעויות החושים; הטיעון על סמך השיגעון; הטיעון על סמך החלום; הטיעון על סמך האלוהים הרמאי או על סמך השד הרע.
בטיעון על סמך טעויות החושים אומר דקארט כי לפעמים החושים מטעים אותנו וכי משום שאיננו מסוגלים להבחין תמיד בין תפיסות חושים מהימנות ובין תפיסות חושים בלתי מהימנות, לא נוכל לבטוח בטענות מסוג זה.
את הטיעון על סמך השיגעון דקארט לא מפתח. ניכר כי דקארט אינו יודע כיצד להתמודד עם ה"משוגעים הללו". הם מדברים בשפה שונה משלו ולכן הם "מוזרים ומשונים". בטיעון זה אין יסוד תבוני ומכאן שאין יסוד להשוואה בין הטעות לאמת. לכן דקארט  ממיר את "אותם הדברים שמציירים לעצמם המטורפים הללו בהקיץ" לדברים שהוא עשוי לראות בחלומותיו. דקארט יכול לדמות לעצמו או לחלום שהוא עשוי זכוכית, ואכן, הוא טוען שהמשוגעים "מדמים לעצמם".
בטיעון על סמך החלום טוען דקארט כי לעיתים הוא אינו יכול להבדיל בוודאות בין מצבים של ערות לבין מצבים של חלום; לעיתים קרה שהרגיש שחווה חוויה מסוימת במציאות, כשלמעשה חלם אותה. גם כשאנו צובטים את עצמנו ומנערים את ראשנו על מנת לוודא שאיננו חולמים, הרי שאקטים אלה עשויים להתרחש גם בחלום: חלמתי שצבטתי וניערתי. ולכן המסקנה הגורפת של דקארט בטיעון זה היא שייתכן שאנו חולמים כל הזמן. שני טיעונים אלה מספיקים לדקארט על מנת לפקפק כמעט בכל סוגי הטענות (גם בשאלת טענות המדעים) , למעט טענות המתימטיקה. לדידו של דקארט, גם בחלום 4=2+2 , משום שטענות המתימטיקה אינן תלויות בעולם החומר, הן קיימות ותמיד תהיינה קיימות גם אם לא היה קיים עולם זה. על מנת לפקפק גם בהן דרוש היה לו לדקארט לפחות עוד טיעון אחד.
זהו הטיעון על סמך האלוהים הרמאי או השד הרע, שם מניח דקארט כי ייתכן שקיים איזה שד מתעתע שבאופן קונסיסטנטי משבש את כל מערכת הדעת שלנו. במקרה כזה, אנו עדיין פועלים במסגרת של הסקת מסקנות כפי שהתבונה מנחה אותנו (אנו עדיין תבוניים ממהותנו), אך השד מבלבל אותנו: הוא מניח לנו להניח את ההנחות המתבקשות, "לבנות את המגדל", אך ברגע האחרון, לפני הסקת המסקנה, הוא משנה את ה"תמונה" ולכן המסקנה שנסיק (שחשבנו שהיא וודאית), תהיה שגויה בהכרח. שד זה גם יניח לנו לחבר 2+2 ותמיד יניח לנו לקבל 4, כשבפועל הסכום הוא אחר לחלוטין. טיעון זה כופר בהנחת היסוד הבסיסית של הרציונאליזם, שהאדם, בכוח שכלו בלבד יוכל להכיר את המציאות. הנה, למרות כושר התבונה שלי, אני יכול לטעות ולכן דרוש לי איזשהוא גורם חיצוני שיערוב להכרתי האנושית.
בתום התהליך מצוי דקארט במצב של ספק מוחלט וכולל. הוא חייב למצוא נקודת אחיזה אחת, אמת וודאית אחת לפחות, לפני שישקע בתהום הספק המוחלט. והוא אכן מוצא אותה: אם יש כל כך הרבה דברים שניתן להטיל בהם ספק, הרי שחייב להיות בנמצא מישהו/ משהו, שמטיל את הספק הזה! דקארט טוען כי יש לו מחשבות רבות והוא אינו יכול להטיל ספק במחשבות הרבות הללו ולכן חייב להיות קיים מישהו שחושב אותן- אני. אני יכול לאשר את קיומי באמצעות המחשבה ולכן: " אני חושב- אני קיים"; ובלטינית: Cogito ergo sum.
חקירתו השיטתית של דקארט אודות אמיתותן הוודאית של דעות ואמונות היא חקירה אפיסטמולוגית (הכרתית). דקארט הניח את היסודות לבעיית ההכרה האנושית, היינו- "באיזו מידה אנו יכולים להכיר במציאות, אם בכלל", שהייתה לאחת השאלות המרכזיות בפילוסופיה החדשה, ומשום כך, נחשב דקארט ל"אבי הפילוסופיה החדשה".