העימות מקרא-היסטוריה-ארכאולוגיה הוא נושא סוער בשיח הציבורי בישראל כיום, אך למעשה אינו מהווה חידוש. נושא האמיתות ההיסטורית
של המקרא מלווה את המחקר
הארכאולוגי כבר קרוב ל-100 שנה.
הארכאולוגיה המקראית הייתה קשורה מראשיתה לחקר ההיסטוריה של ארץ-ישראל ושל עם ישראל. רבים מן העוסקים בה לא היו ארכאולוגיים מקצועיים, אלא הגיעו לתחום זה מתחומים קרובים כמו חקר התנ"ך, תיאולוגיה וכדומה, ועירבו במחקרם הנחות ומטרות דתיות או פוליטיות.הארכאולוגיה המקראית התפתחה כמדע בשלב מאוחר באופן יחסי, בשלהי המאה התשע-עשרה ובראשית המאה העשרים, על רקע גישות שרווחו בחקר המקרא. החל מהמחצית השנייה של המאה התשע-עשרה פרחה בגרמניה אסכולת ולהאוזן, אסכולת ביקורת המקרא שערערה על ההיסטוריות של סיפורי המקרא וטענה כי ההיסטוריוגרפיה המקראית נוסחה – ובמידה רבה גם 'הומצאה' – בימי גלות בבל. מול ביקורת זו קמו תיאולוגים וחוקרי מקרא, ובראשם ויליאם פוקס אולברייט, שביקשו לבסס את ההיסטוריות של סיפורי המקרא. הם היו אנשי דת פרוטסטנטיים שתפיסותיהם הרוחניות היו מעוגנות בחיים הדתיים של סוף המאה התשע-עשרה וראשית המאה העשרים בארצות-הברית. אולברייט ותלמידיו היו משוכנעים שאם ייחשפו השרידים הקדומים בארץ-ישראל הם יספקו הוכחות חד-משמעיות לאמיתותם ההיסטורית של המאורעות הנוגעים לעם ישראל בארצו. מבחינתם, הארכאולוגיה הייתה תת-דיסציפלינה בחקר המקרא, כלי שרת לאספקת עדויות חיצוניות ואובייקטיביות שיפריכו את השערות הביקורת. מטרות מחקרם היו דתיות, ולא מדעיות.בשנות החמישים התמסדה הארכאולוגיה המקראית הישראלית תחת הנהגתו של יגאל ידין. בעיני הארכאולוגים הישראלים בני דור מקימי המדינה נתפס התנ"ך כמסמך יסוד בהיסטוריה הלאומית של העם היהודי, וכגושפנקה לישיבת ישראל בארצו. לארכאולוגיה נועד התפקיד החשוב לאשש את הקשר בין האומה המתחדשת לעברה ולארצה הקדומה. פרשנות הממצא הארכאולוגי נשענה רובה ככולה על המקרא עד כדי יצירת 'פונדמנטליזם חילוני', הרואה בסיפורי המקרא מקור היסטורי כפשוטו. אף על פי שמטרות הארכאולוגיה הישראלית היו חילוניות, ותפיסותיה הפרשניות שיקפו הכרה אתנית ולאומית יותר מאשר מחויבות דתית, היא התמקדה באותם היבטים היסטוריים שעניינו את החוקרים מאסכולת אולברייט. שני ענפי הארכאולוגיה המקראית – האמריקני והישראלי – עסקו בחיפוש אחר עדויות למאורעות היסטוריים פוליטיים מרכזיים ולפעולותיהם של מלכים, וראו במקרא מקור היסטורי שיש מחד גיסא לאששו ומאידך גיסא להסתמך עליו.
במשך שנים הייתה מקובלת ההשקפה שהתנ"ך הוא מקור בר תוקף לשם שחזור שלבים שונים בתולדות עם ישראל. השקפה זו עברה שינויים מפליגים, בייחוד מאז אמצע שנות השבעים של המאה העשרים. הסקרים הארכאולוגיים הגדולים שנערכו לאחר מלחמת ששת הימים ביהודה ושומרון, הצטברות ממצאים ומתודולוגיות חדשות שהופעלו, הביאו לפקפוק הדרגתי לגבי מידת האמינות ההיסטורית של חלקים גדולים מן הטקסט המקראי. תחילה התעוררה שאלת ההיסטוריות של סיפורי האבות ובהמשך עסקו בשהות במצרים וביציאת מצרים. אחר כך עבר הדיון לסיפורי כיבושי יהושע וההתנחלות בכנען, והגיע עד לתקופת הממלכה המאוחדת וממלכות ישראל ויהודה.בנוסף לממצאים הארכאולוגיים עצמם קיימים עוד גורמים שהביאו לשינוי הגישה המשמעותי שעברה הארכאולוגיה המקראית. לא רק הנתונים השתנו, אלא אף החוקרים עצמם ורוח התקופה. פרשנות החוקרים בני זמננו את הממצא הארכאולוגי מושפעת מתשתיתם החינוכית, מזיקתם האידאולוגית-הפוליטית, מיחסם להלכי הרוח העכשוויים בישראל, ממניעיהם האקדמיים ועוד. בתקופתנו נשחטות 'פרות קדושות' רבות, ודברים ידועים ומוסכמים מועמדים לביקורת ספקנית. הפילוסופיה הפוסט-מודרניסטית וה'דה-קונסטרוקציה' רווחות במדעי הרוח, ונראה שהשפעת הלכי רוח אלה הגיעה גם לארכאולוגיה. לאחר עשרות שנות מחקר בתחום נוצר כיום מצב של פלורליזם והקצנה בדעות החוקרים. בכתיבה ההיסטורית בת זמננו ניתן למצוא מגוון דעות, החל מקבלה של מרבית מקורות המקרא כמקור היסטורי אמין ועד להשקפות פקפקניות למדי על ראשית ישראל. שלושת הזרמים המרכזיים במחקר הינם הפונדמנטליסטים, חוקרי 'אמצע הדרך' והרוויזיוניסטים. הפונדמנטליסטים מקבלים ללא ערעור והרהור את האמת המוחלטת שבכל פרטי המסורות ההיסטוריות שבמקרא. הם מקבלים כעובדה את כל הכתוב באשר הוא כתוב בכתבי הקודש, ומוכנים לקבל עדויות חיצוניות רק אם אינן סותרות את הסיפור המקראי. גישה זו בעיקרה אינה אקדמית-מדעית. רוב חוקרי המקרא, הארכאולוגים וההיסטוריונים בארץ ובעולם נמנים על הזרם המרכזי במחקר הארכאולוגי וההיסטורי של תקופת המקרא. זרם זה נוקט בעמדת ביניים, הכוללת בדיקה ביקורתית של המקורות המקראיים מחד גיסא ושל הממצא הארכאולוגי מאידך גיסא. רובם מקבלים את "שיטבאחת מגרסותיה הרבות, שיטה הגורסת שבספרים ההיסטוריים בתנ"ך משולבים מקורות שונים, שנתחברו בתקופות שונות ובידי חוגים שונים בימי הבית הראשון ואחריו, ועברו כמה עריכות עד חתימת התנ"ך. הדעות נחלקות בדבר זמן חיבורו של כל מקור ומקור, היקף הרבדים הקדומים במכלול המאוחר וערכם של אלו בשחזור תולדות ישראל.חוקרי 'אמצע הדרך' משלבים את הממצא הארכאולוגי ואת המקורות החיצוניים במקורות המקרא מתוך מודעות לקשיים ולשיבושים הטמונים בשימוש במקורות אלו ומתוך הכרה כי הם מכוסים במעטה של אידיאולוגיה-תיאולוגיה יהודאית המאוחרת מאות שנים לתקופת האירועים אותם הם מתארים.החל מאמצע שנות השמונים החלה להתבלט במחקר האירופי, בעיקר באנגליה ובדנמרק, האסכולה המכונה רוויזיוניסטית, מינימליסטית ואף ניהיליסטית או דסטרוקטיבית ('אסכולת קופנהאגן'). מאפיינה העיקרי של גישה זו הוא הטענה שכל ההיסטוריוגרפיה המקראית היא המצאה מאוחרת מסוף התקופה הפרסית ומראשית התקופה היוונית. לדעתם, 'שבי ציון' לא היו יהודים גולים אלא קבוצת אנשים שהשלטון הפרסי ביקש ליישב בארץ יהודה. תכליתה של המצאת ההיסטוריוגרפיה המקראית הייתה לייצר 'עבר' מדומה, 'זיכרון קולקטיבי' בדוי, לאותה קבוצת אנשים חסרי היסטוריה ראשונית לאומית משותפת.אסכולה זו נודעה מאוד בשנים האחרונות עקב ריבוי הפרסומים המדעיים והפופולריים של חבריה, עקב התאמתה להלך הדעות הפוסט-מודרניסטי בדור האחרון ועקב הביקורת הנוקבת שנמתחה עליה. דעותיהם עוררו פולמוס שהביא להתעוררות כללית בתחום מחקר זה.