בשנת 1947 נער בדואי מבט התעמרה נכנס למערה במדבר יהודה, לחפש עז שנעלמה. הוא חשש מן החושך במערה, ולכן זרק פנימה אבן, בתקווה
שהעז תצא אליו. האבן פגעה בכלי כלשהו, והרעש החלול סקרן אותו. הוא התגבר על החשש ונכנס למערה, ובירכתיה גילה כמה כדים גדולים, ובהם פיסות עור מגולגלות. הנער שהתהלך יחף תמיד, שמח על התגלית כי הנה סוף סוף יוכל להכין לעצמו סנדלי עור נוחים. הוא הביא את פיסות העור לסנדלר בשם קנדו בבית לחם. למרבה המזל, הסנדלר היה גם סוחר עתיקות חובב, וזיהה כתב על פיסות העור. הוא שילם לנער ושלח אותו לדרכו. את פיסות העור הוא בחן, ואף הזמין את ראש הכנסייה האשורית בירושלים, שהבין גם הוא דבר או שניים בעתיקות, על מנת שיבדוק את ערך המגילות. הלה קנה מקנדו חלק מהמגילות.
השמועה על המגילות הגיעה אל ארכיאולוג נודע מהאוניברסיטה העברית בשם אליעזר ליפא
סוקניק (אבא של הרמטכ"ל והאריכאולוג יגאל ידין). זה קרה ב-28 בנובמבר 1947, יום לפני החלטת החלוקה, והתחלת מלחמת העצמאות. פרופסור סוקניק התלבט האם בסכנת המלחמה המרחפת באוויר עליו לסכן את עצמו בנסיעה לבית לחם, ועד שהחליט, עבר עוד יום והמלחמה התחילה. למרות הסכנה, הוא עמד בהחלטתו, והיה נכון להקריב את עצמו למדע, ולהכנס לבית לחם. הוא הגיע לקנדו, והכסף שהיה בידו הספיק לקנות רק חלק מן המגילות. בתקופה הבאה, בעוד בארץ ישראל משתוללת מלחמה גורלית, הפרופסור שקד על פיענוח המגילות. אלה התבררו כנוסחים שונים לספרי התנ"ך, ואף ספרים חיצוניים כמו ספר בן סירא, צוואות השבטים ועוד. גילוי המגילות נחשב לאחד הממצאים החשובים בעולם, כיוון שהוא שופך אור על היצירה הרוחנית שהנחתה את העולם המערבי אלפי שנים. המגילות מתוארכות למאה ה-3 לפני הספירה, כלומר מהתקופה ההלניסטית (יוונית), ונכתבו על ידי כת סגפנית שגרה בכפר קומראן במדבר יהודה.
שנים אחר כך, בשנות ה-60, הובאה לידי יגאל ידין, בנו של א.ל סוקניק ידיעה קטנה שפורסמה בארה"ב, ובו מוצעים
למכירה מספר כתבי יד עתיקים. במימון מוזיאון ישראל נרכשו המגילות, אשר הוצעו למכירה בכמה עשרות אלפי דולרים לכל דורש...
המגילות נמצאות היום בהיכל הספר, בניין שנבנה במיוחד עבורן במוזיאון ישראל בירושלים, והן אבן שואבת לחוקרים וחובבי תנ"ך מכל העולם.