אפוס גילגמש מכסה 12 לוחות בגירסתו המאוחרת ביותר וכתוב בארמית, השפה השמית המרכזית של בבל ואשור העתיקות.
האפוס מתאר את עלילותיו של
גילגמש, מלך אורוך (כפי הנראה אכן היה מלך בשם זה באורוך שחי בערך בין השנים 2700-2500 לפנה"ס, ונזכר מאוחר יותר כבונה חומות אורוך והמקדש). האפוס משרטט את גילגמש והרפתקאותיו בצבעים אגדתיים ומיתולוגיים, מתאר אותו כנהדר ובלתי מנוצח בקרב.הפחד מפני המוות והידיעה כי חיי האדם מוגבלים, מניעים את גילגמש לחפש את
אותנפישתים, גיבור המבול שגר על פי הנהרות, כדי ללמוד ממנו את סוד האלמוות בו זכו הוא ואישתו. האדם היחידי שזכה בחיי האלמוות, כאחד האלים, ואף משמעות שמו מרמזת על ייחודו - "מצאתי חיים".
אותנפישתים מסרב תחילה להסגיר את סודו לגילגמש, אך בסוף נכנע לו ומספר את סיפור המבול, בתחילת סיפורו מתאר אותנפשתים לגילגמש את תרגילו של אא (אל מי התהום והחוכמה) שלאחר ישיבת האלים, בה הוחלט להשמיד את האנושות כולה, נשלח להזהיר את אותנפישתים, אבל אא מספר את הדברים לקנים הגבוהים (קני הסוף) ולא ישירות לאותנפישתים עצמו, זאת מאחר ונשבע כשאר האלים שלא לחשוף את סודות האלים לבני האדם.
בסיפור שלפנינו אין עוררין על החלטות האלים ועל מעשיהם, אלא קבלה שקטה, מבחינת מחברי האפוס מתחיל הסיפור עם כניסתו של אותנפישתים לעלילה, וכאדם אין לו כל אפשרות לדעת מה באמת התרחש באותה ישיבת אלים, להוציא את מה שגילה לו אא דרך קיר הקנים. מאחר ואא אינו מפרט את הסיבה אלא רק את ההחלטה הסופית מאותה ישיבה, אותנפישתים אינו יכול לדעת אותה, ולכן גם אינו מסבירה לגילגמש.
אותנפישתים מקבל את דיברי אא שמבול עומד לפגוע בתושבי גדות נהר הפרת, עונש על שהפריעו את מנוחת האלים, ללא כל ויכוח, הוא אינו מבקש או מנסה לבקש רחמים על תושבי העיר והאנושות העומדים לפני השמדה. הוא אף משתף פעולה ושואל את אא כיצד יסביר לאנשי העיר שלא יחשדו בו אם יראו שהוא בונה ספינה, הוא לא מנסה להזהירם אלא מספר להם את מה שאמר לו אא ומרמה אותם. אותנפישתים גם אינו מערער על המוזרות שבהוראות שנותן לו אא לבניית התיבה, הוא בונה אותה כפי שנתבקש בצורת קוביה, ואינו מפקפק בכך שהיא אכן תעמוד בסערת המבול. הוא מפגין אמון מוחלט באא ובקשותיו, מוזרות ככל שיהיו ולאחר שיחתו עם אא הוא פונה לבנות את התיבה.
במהלך המבול, בהיותו סגור בתיבה, מתאר אותנפישתים את רעש זעמם של המים והרוחות הניתחים על האדמה. בשלב זה של הסיפור מתעורר גילוי חדש כאשר אותנפישתים, עדיין אדם, יודע לספר על רגשות האלים והתנהגותם במהלך המבול, האלים מתוארים בפיו כמוכי אימה, הם מתנהגים כמי שכלל לא ציפו לאסון שכזה, מפליאה ביותר היא תגובתה של האלה אישתר (אלת הפריון, האהבה והמין) המבכה על מה שעשו האלים למשרתיהם בני האדם, יתכן ובכי זה מצביע על שינוי בגישתה האנוכית של אישתר (לעומת תיאורה בלוחות הראשונים של האפוס), היא מבוהלת מאוד מפני המתרחש לנגד עינה ולמראה החורבן.
אותנפישתים מספר על סופו של המבול שהשתולל כמו צבאות מלחמה, ועל השחר שעלה לאחר שבעת ימי הגשם והסערה, הוא מספר לגילגמש כי כאשר הביט מהחלון וראה סוף סוף את השמש העולה והשקט סביב, הייתה תגובתו הראשונה למראה הנגלה לעיניו בכי, בכל מקום בו הביט ראה רק מים ומים. כדי לבדוק האם ניתן למצוא אדמה יבשה הוא שולח את היונה, אשר חוזרת תשושה, לאחריה את הסנונית החוזרת תשושה אף היא, ולבסוף הוא שולח את העורב שמוצא פיסת אדמה מעל המים.
אותנפישתים שמח על פיסת אדמה זו, הוא פותח את שער התיבה ופעולתו הראשונה היא הצעת קורבן לאלים, אשר רעבו כל אותם שבעת ימי המבול, מנקודת מבטו מתאר אותנפישתים את האלים כ"זבובים שעטים על הקורבן" עם התפשטות הריח הטוב והמתוק. אישתר שהתעצבה מהחורבן מבטיחה לאור הקורבן שלא לשכוח יום זה ולהימנע בעתיד מהשמדת האנושות, בין האלים הנוכחים מתפתח ריב ובו קוראת אישתר להוציא את אנליל (אל הרוח, האויר והסער) ממקבלי הקורבן, שכן הוא קרא להשמיד את בני האדם, ולכן האשם ברעב שפקד אותם במהלך ימי המבול.
אנליל, שמגיע גם הוא עם הריח, מתמלא חימה על כי בן-תמותה ניצל מידיו ומהאסון, אא להגנתו טוען שלא גילה את סוד האלים על האסון אלא רק שלח לאותנפישתים חלום, כי זהו תפקידו ומחלום זה הבין אותנפישתים לבדו כי מתקרב אסון ועליו לבנות את התיבה להצלתו.
אנליל כנראה משתכנע שהיה זה מיותר להשמיד את האנושות כולה ואף מעניק חיי נצח לאותנפישתים ואישתו. אותנפישתים המספר קטע זה, מתאר את עלייתו של אנליל לספינה ואת מגעו ודיבורו כתאור אנושי לחלוטין, על אנליל היה להכריח אותם לכרוע ברך, פעולה שמתוך אמונה היתה צריכה אולי להיות טבעית. סיפור המבול מהווה חלק מהסבר הקשר בין האלים לבני האדם והאינטרס ההדדי ביניהם, האלים דואגים ושומרים על בני האדם ואילו אלה עובדים ודואגים למזונם ולנוחותם של האלים.