לפני ששכן ארון הברית בבית
המקדש הוא היה במשכן, מקדש נייד שנשאו בני ישראל במדבר, בדרכם לכנען, ולאחר מכן ניצב במשכן בעיר שילה.בספר שמואל א' מופיע סיפור ידוע אחר על
הארון: פלשתים גנבו אותו ושמו אותו תחת פסל האל דגון. למחרת
ראו את הפסל שבור ותיקנו אותו. למחרת קמו, ושוב ראו את הפסל מנותץ ושבור. כמו כן, פלשתים רבים
מתו בגלל מגפה שגרם הארון. הפלשתים הביאו אותו
לעיר בית שמש, ומפני שבני ישראל הגרים בבית שמש ראו אותו, מתו רבים מהם. לבסוף נלקח הארון לעיר אחרת.דוד המלך הביא בימיו את הארון לירושלים בחגיגה גדולה, ובנו שלמה לאחר מכן העבירו אל קודש הקודשים, הדביר, של בית המקדש שבנה. שמה, על אבן השתיה, האבן אשר עליה לפי האמונה היהודית נעקד יצחק בידי אביו אברהם, ושממנה יוסד העולם, הוצב הארון, תחת שני כרובים עשויים זהב שסוככו מעליו, וכונו "הדום ה'". לדביר, רק
הכהן הגדול הותר להיכנס, ורק פעם אחת בשנה - ביום כיפור. מלבד הארון שכנו בדביר גם האורים ותומים ומטה אהרון הכהן, הכהן הגדול הראשון. גורלו של ארון-הברית לאחר שהעבירוהו למקדש אינו ידוע. ברשימות שלל המשיסה של נבוכדנצר, וזו של הכלים שהשיב כורש מלך פרס לבניין המקדש השני, הארון לא נזכר, וספק אם חפץ זה, הקדוש והיקר ביותר באוצרות המקדש (והיהדות), היה נלקח מבלי שיוזכר בתנ"ך..
סיכומים נוספים אודות ארון הברית בבתי המקדש