לאחר מלחמת 1948 הפכה האוכלוסייה הערבית שנשארה בארץ למיעוט קטן בלא מנהיגות פוליטית, חברתית ודתית. מוסדות התרבות והחינוך הערביים
בערים הגדולות התפוררו. על כן, נקודת הזינוק של
החינוך הערבי בישראל הייתה נמוכה בהשוואה לזו של החינוך היהודי. מאז קום המדינה ועד היום חלו שינויים ,כמותיים ואיכותיים, בחינוך הערבי. גדל שיעור הנוכחות בבתי הספר, השתפרו באופן יחסי הישגי התלמידים הערביים בבחינות הבגרות, ועלתה רמת המורים בבתי הספר העל-יסודיים, בעיקר בגלל השיעור הגבוה יותר של בעלי השכלה אקדמית ביניהם. אולם בצד שינויים אלה, מערכת החינוך הערבי בישראל עדיין סובלת מבעיות קשות בתחומים שונים כתוצאה מהזנחה, מאפליה מוסדית ומקיפוח מתמשך. עדין קיים פער גדול ברמת ההישגים בין תלמידים יהודים לערבים, שירותים רבים , המובנים מאליהם בבתי ספר יהודיים, כלל אינם קיימים בבתי ספר ערביים, תוכן הלימודים ושיטות הכשרת המורים עדין אינם עונים על הדרישות .
הקיפוח בא לידי ביטוי בשלוש דרכים:
א. אפליה בתקצוב – ההשקעה הבסיסית הממוצעת בשעות בחינוך הערבי קטנה בלמעלה מ-10% מזו שבחינוך היהודי, החינוך הערבי זוכה לפחות ימי הדרכה, לפחות השקעה בתכניות ייחודיות, להשקעה מעטה יותר בחינוך הבלתי פורמאלי, לפחות שעות פיקוח, לתשתיות פיזיות רעועות של בתי הספר ועוד.
אי השוויון התקציבי מתוקן לאט-לאט, גם באמצעות פסיקות בג"צ, אולם מדינת ישראל עדיין רחוקה מאד משינוי אמיתי.
ב. אפליית המנהיגות החינוכית הערבית – ערבים כמעט ואינם שותפים במערכת קבלת ההחלטות, בהתוויית המדיניות ובתכנון של משרד החינוך. אין מנהל מחוז ערבי, אין ראש מינהל ערבי, אין ייצוג הולם לערבים בהנהלת המשרד. בשנים קודמות הופעל "האגף לחינוך לערבים" שהיה אחראי על תחום החינוך במגזר הערבי. בפועל היה זה גוף "בלי שיניים" וההחלטות המשמעותיות התקבלו ע"י נושאי תפקידים יהודים. בתהליך הדרגתי חוסל גוף זה ובהנהגה הערבית קיוו כי אינטלקטואלים ערבים ייקלטו במשרד החינוך וישפיעו על ההחלטות. אך הייתה זו "תקוות שווא". מערכת החינוך המתיימרת לחנך לדמוקרטיה, לזכויות אדם ולאזרחות פעילה איננה מיישמת בעצמה ערכים אלו.
ג. אפליה בתכני הלימוד – עד כה לא נעשה מאמץ מכוון ומשמעותי לאפשר לימוד של תכנים המשקפים את התרבות, ההיסטוריה והספרות הערבית בבתי הספר הערביים.
הקיפוח המשמעותי שצוין לעיל, הבדלים בהשקפת העולם ובסגנון החיים , והסכסוך הישראלי-פלסטינאי, כל אלו יוצרים יחס דו ערכי של הערבים הישראליים כלפי מערכת החינוך.
ערביי ישראל מושפעים מחמישה מכניזמים בסיסיים של זהות (רינאוי, 2003): זהות ישראלית, זהות פלסטינאית, זהות ערבית, זהות איסלאמית וזהות בינלאומית. מתוך המכניזמים הנ"ל, השילוב הבעייתי ביותר, הטעון ביותר והאמביוולנטי ביותר הוא בין הזהות האזרחית-ישראלית לבין הזהות
הלאומית-פלסטינאית. העימות המתמשך בין ישראל לפלסטינאים, האלימות משני הצדדים וקשיי ההדברות, מציבים בפני הערבי אזרח המדינה דילמות קשות ומעוררים בו תחושות של בלבול, כעס, חשדנות, אכזבה, ייאוש ועוד. מצד אחד קיימת השאיפה להשתלב כאזרחים שווי זכויות במדינת ישראל, מן הצד השני קיימת הזדהות עם מטרות העם הפלסטינאי ועם זכותו למדינה עצמאית.
הרגשות האמביוולנטיים שתוארו לעיל, משתקפים היטב בתחום החינוך. מאז קום המדינה, לא הצליחו קובעי המדיניות למצוא פשרה בין מגמות סותרות (שוויון לעומת קיום העליונות היהודית; פיתוח ערכים כלליים לעומת פיתוח ערכים לאומיים; הענקת מעמד אוטונומי לחינוך הערבי לעומת השאיפה לשילובו המלא במערכת החינוך היהודית). תוכנית הלימודים בבתי הספר הערביים נכשלה ביצירת איזון בין "רגשות לאומיים ערביים" ל"נאמנות למדינה". במקום זאת טושטשה הזהות הלאומית הערבית ותלמידים ערבים קיבלו חינוך לנחיתות ולהתבטלות בפני הרוב היהודי. ב-1972 מונתה ע"י משרד החינוך ועדה מיוחדת בראשות סגן שר החינוך ידלין כדי לדון בעקרונות שעליהם יש לבסס את החינוך לערבים. חשיבות מסמך ידלין בכך, שלראשונה ניתנה תשומת לב ציבורית רחבה לייחוד של החינוך לערבים ולצורך לנסח יעדים ייחודיים לתלמידים הערבים. עם זאת, יש במסמך סתירות פנימיות רבות והוא לא ביטא את כל הצרכים והשאיפות של הערבים בישראל. מחנכים ערבים מתחו ביקורת חריפה על שלא טיפל בזהות הלאומית של הערבים. הם ביקרו גם את הניסיון ליצור "ערבי ישראלי ייחודי" , המנותק משורשיו הלאומיים והתרבותיים המקוריים, הקשורים קשר בל ינתק לעולם הערבי ולפלסטינים. בעוד שעיקרו של החינוך היהודי הוא לטעת חינוך לאומי, הרי שהחינוך הערבי מתמקד ב"תרבות הערבית" וה"ייחודיות של הערבים בישראל". היעדים לתלמידים הערבים מדברים על שאיפה לשלום בין ישראל לשכנותיה ואהבה למולדת המשותפת לכל אזרחי המדינה, עניינים החסרים ביעדים לתלמידים היהודים . עד כה לא נוצרה הסכמה בין קובעי המדיניות לבין האוכלוסייה הערבית (הורים ואנשי חינוך) באשר לתכני הלימוד ולמהות הערכים שעל פיהם יש לחנך את התלמיד הערבי כדי לגבש את זהותו האזרחית והלאומית. למעשה, מעצבי המדיניות הם שקובעים את מהות הערכים המוקנים לתלמיד הערבי. למעט פרויקטים ניסיוניים ומועטים, לא נעשה מאמץ מכוון ומשמעותי לאפשר לימוד של תכנים המשקפים את התרבות, ההיסטוריה והספרות הערבית בבתי הספר הערביים. מודגשים ערכים יהודיים ציוניים, ללא כיבוד הזהות הלאומית הפלסטינית. הדבר מחזק את תחושת הניתוק בין שני העמים ואת תחושת הקיפוח של ערביי ישראל. ילדים ערבים בישראל מתמודדים עם הפער בין "הסיפור שמסופר בבית" לבין "הסיפור שמסופר בבית הספר" . התכנים אותם לומדים ילדים ערבים בישראל מחזקים את תחושות הבלבול בזהותם. חלק ניכר מתכנית הלימודים בהיסטוריה, למשל, עוסק בהיסטוריה יהודית, ואילו ההיסטוריה הערבית בכלל והפלסטינאית בפרט נדחקות לשוליים, כנושאי רשות ולא חובה.
לאור הכשלים ומצבי הקיפוח שתוארו לעיל, נדרשת חשיבה רב מערכתית, על מנת לבנות וליישם לאלתר תכניות לשיפור המצב.