כאמור בשנת 79'' נפל דבר , קבוצות סטודנטים ומליציות חמושות של מוסלמים קיצוניים, השתלטו על שגרירות ארה"ב במדינה , תפסו
בני ערובה אמריקאים והדיחו את השאה מכיסאו . במקומו עלה לשלטון האיאטוללה חומייני הקיצוני שחזר מגלות ממושכת בצרפת, האמריקאים נתפסו כשמכנסיהם מופשלים למטה...הם ניתקו את היחסים עם איראן שהפכה בין לילה ממדינה ליברלית ומערבית יחסית למדינת דת קיצונית וטוטאלית. איראן עצמה התנערה מהמערב והחלה להתכונן לעימות כבר באותה שנה . כאמור , בהמשך השנה פלשה ברית המועצות לאפגניסטן, ושם כמו שהזכרנו הומצא הג''יהאד במתכונתו המוכרת כיום. איראן אמנם לא לקחה חלק פעיל במלחמת אפגניסטאן, אבל המלחמה הזאת הושפעה רבות מהמהפכה: זאת היתה הפעם הראשונה שבה קוננה ברוחם של הלוחמים המוסלמים התחושה שניתן לכונן שלטון מוסלמי בסדר גודל של מעצמה. תחושה זו הוסיפה עוצמה ורוח לחימה, וזו היתה הרוח שהובילה להצטרפותם של אלפים מכל המזרח התיכון לשורות הצבא שלחם בסובייטים. המפגש הראשון בין איראן לבין אל-קאעידה התרחש בשנת 81'' בסודאן. המדינה החולה הזו, היוותה בית חם למהפכה האיסלאמית האיראנית, כמו גם לארגון אל - קאעידה, שכבר אז הורחק מכל מדינה בעלת שלטון יציב. המבצע בעל ההיקף הרחב ביותר, שבו ניתן להצביע בבירור על שיתוף פעולה בין אל-קאעידה לאיראנים, נרשם ב-95'', במלחמת בוסניה. האיראנים, כמו יתר העולם המוסלמי, התייצבו לטובת המיעוט המוסלמי בבוסניה. הצבא האיראני הקים לצורך המשימה הזו את חטיבה 7, חטיבה שלמה המורכבת מכוחות אפגניים. מקומות נוספים שבהם נרשם שיתוף פעולה בין איראן לבין אל קאעידה, או הטרור העולמי בכלל: בשנת 92 שלחה ארה"ב כוח סיוע לסומליה, אשר הייתה אז במצב חירום הומניטארי. איראן ואל- קאעידה הכריזו שמדובר בניסיון השתלטות, ושלחו לשם כוחות מזוינים. מי שניהל את המאבק בפועל היה אוסאמה בין-לאדן עצמו. השיא של העימות הזה (כמו שכבר הזכרנו) היה העימות המזויין ברחובות מוגדישו 93'' שהונצח בספר ובסרט "בלאק הוק דאון" - במהלך פעולה פשוטה יחסית של הצבא האמריקאי, הופלו שני מסוקים. הפעולה הסתבכה בשטח בנוי וגבתה עשרות פצועים ותשע עשרה הרוגים.שנה אחר כך, ניסו פעילי אל - קאעידה לבצע פיגוע תופת בבית מלון בתימן, הניסיון נכשל , אבל חקירות המודיעין העלו כי פעילי אל-קאעידה נשלחו למחנות אימונים של החיזבאללה בלבנון. החיזבאללה, כידוע, הוא בן חסות של איראן. הברית הזו, הכוללת אימונם של אנשי אל - קאעידה במתקנים איראניים, ממשיכה וחוצה אוקיינוסים: ה"טריבורדר" - מפגש הגבולות של ברזיל, ארגנטינה ופרגוואי, הוא שטח הפקר. אף אחת מן
המדינות האלה לא מיישמת בפועל את שלטונה באזור הזה. כתוצאה, משמש האזור כמוקד מחנות האימונים של אל - קאעידה בחסות איראן. במחנות אלה פועלים גם שרידים של הצבא הנאצי שברחו לדרום אמריקה. יתכן שישנו קשר בין הפיגוע ב11 בספטמבר לאיראן , אף כי הוא קלוש : הטייסים שביצעו את הפיגועים ביצעו אימונים באפגניסטן. לאפגניסטן יש שתי כניסות ויציאות:
פקיסטאן ואיראן. אילו היו עוברים המחבלים דרך פקיסטאן, היו יודעים זאת בארצות הברית, בגלל הקשר ההדוק בין שתי המדינות. ככל הנראה, סייעה איראן למפגעי ה-11/9, בכך שאפשרה להם לעבור דרכה מבלי להחתים את הדרכונים.