שלב זה, הוא השלב הקריטי במרבית המחלות, המק"א חשופים במידה ניכרת למערכות ההגנה של הגוף לרבות המערכת החיסונית. בשלב זה מתאפיינים מרבית
החיידקים אשר גדלים על האפיתל ביצירת רובד ביולוגי או ביופילם שמהווה מעטפת אשר מגנה על מספר מאות של
חיידקים מן הסביבה החיצונית בכלל וממערכות ההגנה של הפונדקאי בפרט. הביופילם נוצר כאשר קבוצה כמה מאות חיידקים (אפילו מזנים שונים) אשר ממוקמים בסמיכות מפרישים לסביבתם פוליסכרידים היוצרים מטריצה סבוכה בסביבת החיידקים. הביופילם, מחד, מספק הגנה כנגד רעלים, נוגדנים ומערכות החיסון של הגוף ומאידך, הוא פורוזיבי מספיק על מנת להעביר נוטריינטים חמצן ולסלק פסולת מן המושבה. כיום מוכרים מקרים בהם קבוצות של חיידקים ממינים שונים חולקים את אותו ביופילם ומקיימים תחתיו יחסים סימביוטיים (לטוב ולרע). ביופילם עלול להתפתח גם על עצמים דוממים
למשל קטטרים ואיברים תותבים. ביופילם על ציוד רפואי גורמים
לעיתים קשיים בחיטוי ובעיקור של אביזרים אלו. קיימים שני מאפיינים עיקריים
לחיידקים בביופילם. א. החיידקים בביופילם מוגנים פיסית מן הסביבה החיצונית, הביופילם מקשה לעיתים על חדירתם של חומרי חיטוי, חומרים אנטיספטיים ואנטיביוטיקות. ב. החיידקים בתוך הביופילם שונים מאשר חיידקים בני אותו זן במצב
פלנקטוני (בתמיסה). מרבית המחקרים והנתונים הידועים על חיידקים מתייחסים לחיידקים במצב פלנקטוני. כיום ידוע שחיידקים בביופילם עלולים לבטא חלבונים אחרים, לקיים מסלולים מטבוליים שונים ועל כן מנגנוני ההתמודדות שפותחו בעקבות שנים רבות של מחקר אינם
יעילים או יעילים פחות כנגד חיידקים תחת רובד ביולוגי. למשל ידוע כי לעיתים יש צורך בכמות אנטיביוטיקה של פי 100 - 1000 על מנת להשיג את תוצאה דומה כנגד חיידקים בביופילם ביחס לחיידקים במצב פלנקטוני.
תקצירים נוספים אודות היישוב וההתרבות במעגל הדבקה של פתוגן