ישנם כמה שלבים אופיניים במעגל ההדבקה של פתוגנים, חלקם קבועים והכרחיים וחלקם משתנים בהתאם לאופיו של הפתוגן ולאופיו של המאחסן. א.
חשיפה – הרקמה או בע"ח נחשפים לפתוגן, החשיפה יכולה להיות חיצונית (ממקור חיצוני) או פנימית (ממקור פנימי).
חשיפה חיצונית מתרחשת לרוב דרך העור, דרך הריאות והנקבים (מין, שתן וצואה) ובעיקר דרך מערכת העיכול. חשיפה פנימית יכולה לנבוע ממק"א אשר התקיימו באיבר או ברקמה באפון בלתי אלים ואז הם עברו לרקמה אחרת או שהתנאים ברקמה הקיימת השתנו כך שהם מתחילים לשגשג מדי ותוך כדי כך להשית נזק על המאחסן. מק"א פתוגניים רבים נמצאים כל העת במעי שם הם מקיימים תחרות עם המק"א האחרים "החיוביים" אשר אינם מאפשרים להם לשגשג עד כדי הפגנת אלימות כלפי המאחסן. טיפול אנטיביוטי ממשוך עלול לדלל את אוכלוסיית המק"א החיוביים כך שהם כבר לא יהוו תחרות לפתוגניים, האחרונים ישגשגו בעקבות אובדן התחרות ועלולים לגרום למחלה אצל המאחסן. מקרה זה מתאר זיהום קיים שבעקבות שינוי במיקרופלורה הפך לחשיפה פנימית חדשה. לעיתים החשיפה מתבצעת ישירות לתוך מחזור הדם למשל נגיפי המלריה אשר מועברים בעקיצת היתוש לתוך מחזור הדם.
ב. הצמדות – שלב זה הינו הכרחי להפגנת אלימות במקרים בהם החיידק מפגין אלימות באמצעים שקשורים אליו פיסית ושאינם מופרשים לסביבתו. אם המק"א מועבר באמצעות וקטור (למשל היתושים הם הוקטור עבור נגיף המלריה) אז הוא נדרש גם למנגנוני
הצמדות לוקטור.
ג. מיקרוקולוניזציה – המק"א מתחילים בהתרבות תוך יצירת מושבות זעירות, אם המק"א מקובע אז המושבות נעטפות לרוב ברובד ביולוגי (ביופילם) אשר מקנה הגנה וסביבה נוחה ליישוב. במרבית המחלות די בהצמדות וביצירת המיקרו מושבות על מנת לגרום להופעת סימני המחלה וזאת בעקבות הופעת תגובה דלקתית כנגד הגירוי החיידקי.
ד. חדירה לתאים או רקמה – לעיתים המק"א אינם פועלים מן המקום בו הם נחשפו לגוף ואז עליהם להשקיע אנרגיה ומאמץ רב על מנת לחדור למחזור הדם, לתאים ולרקמות על מנת להתיישב במקומם "המועדף". לאחר החדירה ועם הגעתם של המק"א לאזור המטרה הם נדרשים לעבור שוב תהליך של הצמדות ויצירת מיקרו מושבות לפני שיופיעו סימני המחלה.
ה. יישוב – החיידקים גדלים ומתרבים בסביבתם החדשה. זה הוא לרוב השלב העיקרי של המחלה.
ו. מעבר לפונדקאי חדש – החיידק מופרש באופן ספונטני מן הפונדקאי או שהוא משפעל מערכות באמצעותן יוכל לעבור ולהדביק
פונדקאי חדש.
במרבית המקרים עצם החשיפה למק"א מספיקה על מנת לגרום למחלה אך לעיתים נדרשם גורמים שונים לרבות שלבי ההדבקה שתוארו וגורמי האלימות השונים.
חדירה של מק"א לרקמות יכולה להתרחש ללא גרימת נזק אך תיתכן גם חדירה אלימה תוך גרימת נזק, אפילו נזק ניכר לרקמות ו/או לתאים. במינים שונים ייתכנו שינויים בשלבי ההדבקה או בסדר ביניהם, למשל מין אחד ראשית יקים מושבות ואז ינסה לחדור לאיברי המטרה, מין אחר קודם כל ינסה לחדור לאיברי המטרה ורק אז יפעל ליצירת מיקרו מושבות.
תקצירים נוספים אודות מעגל הדבקה טיפוסי של פתוגן