שלב החדירה מק"א רבים אינם פועלים באתרים אליהם נחשפו לראשונה או באתרים אליהם נצמדו לראשונה ועליהם לחדור
לרקמות ו/או לתאים ספציפיים. חיידקי
הסלמונלה למשל חודרים לתאי האפיתל, משם למחזור הדם ואח"כ לתאים פאגוציטיים במחזור הדם. החדירה אינה פעולה פשוטה והיא דורשת מן החיידקים הפעלת מערכות רבות והשקעת כמות נכבדת של אנרגיה. חיידקי המעי צריכים לעבור תחילה דרך השכבה הרירית, אח"כ הם חודרים לתוך תאי האפיתל או בין תאי האפיתל ואח"כ הם מגיעים למחזור הדם. כאשר החיידקים נמצאים כבר במחזור הדם הם יכולים לנוע בקלות רבה יחסית לאיברי ולרקמות המטרה שלהם. החיידקים אשר מצוידים במנגנונים אשר מאפשרים להם לעבור ממחזור הדם לאיברי מטורה אחרים הם לרוב הפתוגנים המסוכנים ביותר. לאחר החדירה יכול הפתוגן להתחיל ולהפגין גורמי אלימות כלפי הפונדקאי.
אלימות אלימות הינה תכונה המאפשרת למק"א להזיק לפונדקאי. אלימות מתאפשרת באמצעות גורמי אלימות אשר נחלקים לגורמים ישירים ועקיפים.
א. גורמי אלימות ישירים – החיידק מייצר תרכובות וחומרים, לרוב חלבונים ואנזימים שמטרתם לפגוע במאחסן ותפקידם קשור ביכולתו של המק"א להיצמד, לחדור לרקמות ולפרק רקמות לצורך השגת נוטריינטים. גורמי אלימות ישירים נקראים גם גורמים ראשוניים.
ב. גורמי אלימות עקיפים – תרכובות שהחיידק מייצר אשר יכולות להיות מופרשות לסביבה החיצונית או קשורות לתא עצמו והן אינן מיוצרות על מנת לגרום נזק למאחסן אך בכל זאת גורמות לו נזק. למשל: חלבוני הקפסולה בחיידקים גראם חיוביים; ה-LPS בגראם שליליים ; אנטיביוטיקות אשר מיוצרות כמטבוליטים שניוניים במחזור החיים של המק"א ואשר מסולקות ממנו לסביבה ועלולות לפגוע במק"א שכנים ואף בפונדקאי. גורמי אלימות עקיפים נקראים גם גורמי לוואי של אלימות כיוון שאלימות כלפי המאחסן היא אינה המטרה לשמה מייצר אותם ו/או מפריש אותם החיידק.
כל המערכות המאפשרות למק"א להיצמד למאחסן, לחדור לרקמות וכן להעביר עצמו ממאחסן אחד לשני גם הן גורמי אלימות. על מנת שמק"א ידגים אלימות כלפי המאחסן חייבים להיות תקפים כל גורמי האלימות, למשל אם כל הגורמים תקפים למעט המערכת המאפשרת לחיידק להיצמד לרקמת המאחסן או זו המאפשרת מעבר למאחסנים אחרים אז כמובן שלא תופגן אלימות כלפי המאחסן.