מערכה ראשונה:
חדר בטירת Fotheringhay . מריה כלואה. היא נחותה, מספרים לנו על עברה השלילי,
היא מלאת חרטה. אומנם היא בעלת כבוד של מלכה, היא יפה וצעירה. גם מורטימר (דמות לא-היסטורית) מוקסם מיופיה. כל זה בנוי כך, כדי שתוכניתו של מורטימור נגד אליזבת ייראה כאפשרות יחידה להצלה. אך מריה עוד רואה תקווה: מכתב לרוזן לסטר (Leicester
), חביב המלכה אליזבת.
בסצנות האחרונות של המערכה מריה על העליונה: לורד בורליי מודיע לה את פסק דינה. היא כבר מכירה אותו, כופרת בכל הסעיפים ומוחיכה שאינם צודקים.
אך האפשרות היחידה להצלה היא מותה של אליזבת.
מערכה שניה:
ארמון ווסטמינסטר. אליזבת מחוזרת על-ידי הרוזן הצרפתי מאנז'ו. אך היא רוצה להישאר רווקה. הסביבה אמיתית שלה, שהיא חוששת לחלוק את השלטון עם מישהו אחר. שרוזברי מנסים לבטל את גזר דין המוות על מריה סטוארט. לסטר לא חושב, שמריה מסוכנת. הוא מציע מפגש בין השתיים. סיבתו האמיתית: לפי חוק אנגלי עתיק אי-אפשר להוציא להורג מי שראה את פני המלך. בורליי רוצה למנוע את הפגישה. האופי הצבוע של אליזבת נראה ברור בדמעות שהיא מראה על מריה. ישר אחרי זה היא מבקשת ממורטימר לרצוח את מריה. מורטימר, שהיה אמור להשתדל אצל אליזבת עבור מריה, מסכים. וזאת, כדי לחשוף את אליזבת, כי הוא רוצה את מריה.
בסצנה הבאה נפגשים שני היריבים מורטימר ולסטר. בסצנה האחרונה מכינים את המפגש של שתי המלכות.
מערכה שלישית:
גן ציבורי. מריה פורחת, אחרי זמן ארוך בתא הכלא. המפגש בין שתי המלכות הוא שיא המחזה. אליזבת תוקפת את מריה מבחינה פוליטית, אך גם אישית. היא טוענת שיופיה של מריה הגורם לפשעים רבים.
מריה לעומת זאת מנסה להגיע לליבה של אליזבת. היא מוכנה לוותר על דרישות פוליטיות. אך אליזבת חוזרת ומשפילה אותה, ואז מריה תוקפת אותה בכל המישורים.
שתי הנשים מתגרות עד לשיא, בו פוגעת מריה באליזבת בנקודה האישית ביותר והורגת את אליזבת במובן המוסרי, את עצמה במובן הפיזי.
אחרי זה מתברר, שגם לסטר וגם מורטמר האזינו בסתר לשיחה הזו.
סיום ושיא הפעולה במערכה: בדיוק כשמורטימר פורס בפני מריה את תוכנית ההצלה, מבצע צרפתי פיגוע נגד המלכה, שלא מצליח והורס גם את התוכנית של מורטימר.
מערכה רביעית:
סצנה ראשונה עד רביעית: מבואה. סתנה חמישית ושישית: חדר המלכה.
גילו את המזימות של צרפת. בורליי חושף את השליח הצרפתי וגם את לסטר. זה מלשין על מורטימר, כדי להציל את עורו. מורטימר מתאבד. לסטר מצליח לזכות שוב במקום בליבה של אליזבת. הוא נלחם על חייו, ובשביל זה הוא מוכן גם להקריב את מריה. החל מעכשיו כל הפעילות הדרמטית היא בין הגברים, על ליבה של אליזבת. האם אליזבת תוציא את גזר הדין לפועל? ולמי היא תקשיב בעניין הזה? לאיזה מן הגברים?
אבל אליזבת לא רוצה לקחת אחריות, היא מפילה טת האחריות על פקיד זוטר.
מערכה חמישית:
גורלה של מריה סטיוארט חתום עכשיו, תרתי משמע. זהו היום השלישי אחרי תחילת המחזה, ומריה, מודעת למוות המתקרב, מתעלה על עצמה על החיים.
הכל נעשה בחשאי, אף אחד לא יודע מה קורה.
לסטר מספר לאליזבת על ההוצאה להורג, אליזבת בטוחה בעצמה ומכניסה שניים אחרים לכלא על המעשה, כדי לזכות את עצמה.