יונה הנביא מצווה על ידי אלוהים ללכת לעיר בשם "נינווה". הוא מבקש ממנו להעביר מסר לתושביה. המסר: אלוהים כועס על אנשי העיר בשל
מעשיהם הרעים וחטאיהם ומתכנן להרוס אותה ואותם. יונה לא רוצה למלא את התפקיד ובורח ל"תרשיש" שם עולה על אוניה ובכך חושב שניצל מיעודו. הדבר מסתבר כממש לא כך-
האוניה נקלעת לסופות וטלטלות חזקות והאנשים על סיפונה של האוניה פורקים את המטען שעליה בכדי להקל עליה להתמודד עם מזג האוויר. יונה הולך לירכתי הספינה ונרדם שם. רב החובל מוצאו ותמהה על התנהגותו ואומרלו שבמקום לישון יתפלל אל אלוהיו כדי שלא תתהפך הספינה וכולם ימותו. דבר לא עוזר, אנשי האוניה מנסים טקטיקה אחרת: הם מפילים גורל בכדי לדעת מי בשל מי באה אליהם הרעה. יונה, כמובן, נופל בגורל. לאחר חקירה של אנשי האוניה את יונה לגבי מוצאו ומעשיו הם שואלים בעצתו מה לעשות. הוא מציע להם לזורקו לים והם נענים. הים נרגע. אנשי הספינה מרוצים וזובחים לאלוהים זבחי תודה.
אלוהים מזמין ליונה הנביא לוייתן הגדול והנ"ל בולעו. יונה מתפלל לאלוהים שיציל אותו ואכן הדג פולט אותו ליבשה. אלוהים מצווה בשנית על יונה להתנבא לאנשי נינווה. הפעם יונה מסכים וממלא את שליחותו. אזהרתו פועלת ואנשי נינווה חוזרים בתשובה ואלוהים חוזר בו מהחלטתו להשמיד את העיר על יושביה. יונה כועס ואומר לאלוהים שבדיוק בגלל זה ברח לתרשיש- כי ידע שבסופו של דבר הוא יחזור בו ולא ישמיד את העיר. הוא מבקש למות. אלוהים מצמיח שיח קקיון מעל ראשו של יונה בכדי שיהיה לו צל. בבוקר למרבה צערו של יונה השיח נעלם והוא מוצא עצמו מבקש שום למות. אלוהים שואל אותו אם הוא מצטער על הקקיון ויונה עונה שכן ואז אלוהים אומר את מוסר ההשכל של הסיפור ומוכיח את יונה. הוא אומר לו אם אתה מצטער על השמדת דבר שלא גידלת והשקעת בו קל וחומר שאני מרחם על אנשי נינווה שגידלתי וטיפחתי אותם.