אלף שמשות זוהרות מתאר את חייהן של שתי נשים - מריאם ולילה,הנבדלות בדור זו מזו ובכל זאת חייהן
נשתלבו אלו באלו.
הסיפור מתחיל ומתאר את חייה של מריאם מהיותה ילדה צעירה,ממזרה לגבר עשיר אשר מטעם המוסכמות משלח את אימא ואותה ושולח אותן לגור בחורבה הרחק מהעיר בו הוא גר,בעוד הוא דואג להגיע פעם בשבוע לביקור.
חייה של מריאם מתנהלים מיום חמישי ליום חמישי,אלו הימים בהם מגיע האב.כל זה משתנה כשהיא מחליטה ללכת ולבקש לגור אצלו.בהגיעה לבית האב נשללת ממנה הכניסה אך היא נשארת בשער הבית עד שהיא מסולקת בבושת פנים ע"י הנהג של האב ומובלת חזרה לביתה.
אימא שהיתה מלכתחילה מעורערת בנפשה,התאבדה בעיקבות העזיבה של מריאם ולכן נאלצת הילדה לעבור לבית אביה בו ניתן לה חדר בעלית הגג.עד מהרה מבינה מריאם כי אימא צדקה ואין היא לא יותר מממזרה שאין לה כל עתיד בחברת האדם.אביה בלחץ שלושת נשותיו מוסר את מריאם לראשיד לנישואין.כבר שהיא בת 14 ונשואה מובלת מריאם מבית אביה ונלקחת הרחק משם לעיר קבול הגדולה.המזל מתחיל להאיר לה פנים , ראשיד בעלה,למרות היותו מבוגר ממנה ב20שנה ולא היפה שבגברים מתיחס אליה בעדינות ודואג למחסורה.הוא מנסה לכפות את עצמו עליה בעדינות בתחילה ואח"כ ביתר שאת.מריאם לומדת את תפקידה כאישה וכי עליה להחזיק משק בית ולהיות צנועה,לא לצאת ללא בורקה מהבית וללדת ילדים.מריאם עוברת שתי הפלות שאחרי כל אחת מהן יחסו של ראשיד נעשה יותר ויותר גרוע עד האלימות הופכת לשיגרת חייה.
את לילה אנו מכירים בתור ילדה קטנה המאוהבת בטאריק,בנם בעל הגדם של השכנים.טאריק ולילה הם בלתי נפרדים מילדותם ולא אחת יוצא טאריק להגן על לילה עם הגדם ביד בעודו מקפץ על רגל אחת ע"מ להדוף ממנה את הביריונים.
ללילה שני אחים שהצטרפו למוג'הדין כדי לגרש את הסובייטים מאפגניסטן.אביה מורה המחנך את ביתו לנצל את כל כישורה למקסימום במיוחד בתקופת הסובייטים כאשר לאישה ניתנת האפשרות.אימא של לילה לוקה בנפשה.אין היא יודעת נפשה מדאגה תחילה ואח"כ מצער,כששני בניה נהרגים למען המטרה.הכוחות הסובייטים נסוגים מאפגניסטן ושוב ניתשת מילחמה ,הפעם בין המוג'הידין לממשלת הבובות הקומוניסטית.זו האחרונה גם היא נופלת ובמקומה ניטשיים קרבות עזים ברחובות קבול בין הפלגים השונים של המוג'הידין.בתים נהרסים ,משפחות נקברות חיות,נשים נאנסות ונרצחות כיוון שבנהן,אחיהן או אביהן שיכיים למחנה אחר.משפחתו של טאריק עוזבת את
אפגניסטן והוריה של ליליה נהרגים בהפצצה,היא נותרת לבדה ,ילדה בת 14 בודדה ופצועה.
היא מוכנסת לביתו של ראשיד ומטופלת ע"י ראשיד ומיראם.זר מגיע לבית ראשיד ומספר ללילה כי טאריק נהרג בעוד שהוא והוריו חצו את הגבול.תחילה ראשיד מתייחס אלילה בעדינות ומציע לה נישואין.
לילה מקבלת את ההצעה כיוון שבבטינה צומח פרי אהבתה לטאריק.היחסים בין שתי הנשים מתחילים כיריבות סמויה בגלל היחס המועדף של ראשיד ללילה אך עד מהרה ליליה מצליחה לכבוש את ליבה של מיראם והשתיים ניהיות חברות ועוזרות אחת לשניה להתמודד עם בעלן.באותה התקופה עולים הטאליבן לשילטון וחיי הנשים נעשים בלתי אפשריים. אישה לא יכולה לנוע ברחוב ללא ליווי של גבר .לילה ומיראם מנסות לברוח מראשיד עם עזיזה ביתה של לילה אך מוסגרות למשטרה ע"י הגבר בו בקשו להסתייע.הן מוחזרות הביתה שם מלמד אותן ראשיד שעור בכיבוד בעל.החיים נהפכים לבלתי נסבלים,ראשיד כופה עצמו על לילה והיא נכנסת להריון,הלידה בקבול תחת הטליבאן אף היא אינה דבר של מה בכך והם נאלצים לנדוד לבית חולים נידח ללא חשמל או תרופות כיוון שרק בו מטופלות נשים ואם תמות אחת מהן לא יהיה הדבר אלא רצון אללה.
זלמאי נולד ונהיה הבן היחיד לאביו ,המצב בקבול הולך ומחמיר והרעב והעוני פושט בכול.שרפה מכלה את החנות של ראשיד והוא נשאר ללא פרנסה .הוא נאלץ לעבוד במלצרות אך גם בעבודות אלו הוא לא מחזיק מעמד והוא מאלץ את לילה למסור את עזיזה לבית יתומים כדי שיוכלו לשרוד.ראשיד מצליח להחזיק בעבודה בתור נער מעליות באחד המלונות ולמרות המצב כלכלי המשתפר מסרב להחזיר את עזיזה הביתה.
באחד הימים טאריק מופיע בפתח הדלת ומספר ללילה כי הצליח לשרוד במחנה פליטים וכי כעת יש לו עבודה ובית בפקיסטן.הוא מבקש ממנה להצטרף אליו.ליליה מבקשת ממנו זמן וכשהוא הולך ומגיע ראשיד,זלמאי מיידע את אביו במעשיה של ליליה.ראשיד,בהתקף של זעם מנסה להרוג את ליליה ומיראם שבאה להגנתה הורגת את ראשיד.
ליליה וטאריק בורחים מקבול בעוד שמיראם לוקחת על עצמה את האשמה ומוצאת להורג.
ליליה טאריק והילדים עוברים את הגבול ומשתעקים בפאקיסטן בעיירת נופש בהמלון בה עובד טאריק.
לאחר אסון התאומים והכיבוש של אפגניסטן ע"י האמריקאים טאריק,לילה והילדים חוזרים לקאבול כדי לעזור בשיקום ההריסות ולבנות את החברה האפגנית החדשה.