שירה
רומן המתרחש בירושלים בשנות השלושים של המאה העשרים, בחוגי האינטלגנציה הירושלמית- שהחלה להתגבש בשנות המנדט הבריטי.
בחוגים אלה בלט מקומם של יוצאי גרמניה שהגיעו בהמוניהם לארץ לאחר עליית היטלר לשלטון בשנת 1933.
הרומן הורכב ברובו מדמויות של פרופסורים, על סמך היכרות קרובה של
עגנון, שהיה מעורה היטב בחוגי האונברסיטה העברית מאז כינונה ב1925- רבות מן הדמויות הבולטות באוניברסיטה היו מחבריו הטובים, ומתוך היכרותם התמצא עגנון היטב בהווי האקדמי- במיוחד למד להכיר את השאיפות, הקנאות והיריבויות הגדולות והקטנות, שהיו מנת חלקם של חוג אנשים קטן זה.
במרכז הרומן הוצבה דמותו של ד"ר מנפרד הרבסט, מרצה להיסטוריה ביזנטית באוניברסיטה העברית, שהיה אוסף פתקאות לחיבורו על קבורת העניים בביזנטיון, "אלא שיותר משנתן דעתו על המדע היה מצטער והולך, שלא יתמנה לפרופסור." לצד הרבסט מופיע בסיפור הד"ר ארנסט וולטפרמד, שנתעלה ונעשה פרופסור, וזאת בניגוד לדודו יוליאן וללטפרמד שלא זכה אפילו להתקבל לאוניסרסיטה כמרצה, אף שראוי היה לזה. בצר לו מצטרף יוליאן לכת המקופחים ומתגרה בבעלי קתדראות, ובעיקר בפרופסור וכסלר שבאותם ימים רעשה כל המדינה על ידי תגלית אחת שגילה: כתב יד של יוסטיאנוס המעונה- ואלו יוליאן כפר בכל זה והגדיר תגלית זו כשערוריה. בין השיטין נזכר גם שמו של ד"ר טגליכט וברקע ועלה שוב ושוב דמותו של הפרופסור הישיש אלפרד ניי, מלומד עטור הילה ובעל שם עולמי, שכל הפרופסורים מצפים למוצא פיו, ושאפילו מתנגדיו אינם יכולים שלא להכיר בחידושיו במדע.
הווי האוניברסיטאי הוא החלל שבו מתרחש הרומן, שגרעינו הוא פרשת האבהבים שבין ד"ר מנפרד הרבסט לבין האחות שירה (שעל שמה נקרא הרומן). הרבסט (שפירושו: סתיו) מוצג כגבר בגיל העמידה, נשוי ואב לשתי בנות בוגרות, שחייו המקצועיים והאישיים הגיעו עד משבר- לבד ממצוקת החיים האוניברסיטאים סובל הרבסט גם ממשבר בחיי הנישואין שלו: זה מכבר נס ליחה של אשתו הנאמנה הנראייטה, שהזקינה קודם זמנה, בעוד הוא עצמו עדיין במלוא כוחו, ולדעת הכל אף מראהו החיצוני כשל בחור. בצר לו מחפש הרבסט פורקן אצל נשים צעירות ממנו בהרבה "עד שלא תקדימני הזקנה", כפי שהוא אומר לעצמו. הוא מחזר תחילה אחרי צעירה בת עשרים וארבע, ליסבט ניי שמה, אחייניתו של הפרופסור ניי, עמה הוא נפגש לשיחה בטלה בבית קפה ירושלמי, ושאת מספר הטלפון שלה הוא צופן כדבר יקר. אולם אין זה עיקר המעשה- כפי שאומר המספר: "שעיקר המעשה הוא מעשה מנפרד הרבסט והאחות שירה שפתחנו בה". את שירה פוגש הרבסט למרבה האירוניה דווקא בשעה שהוא מוביל את הנריאטה שהרתה לו כמעט באקראי לבית היולדות. ובעת שאשתו נתקפת צירי לידה הוא מבלה בחדרה עד לשעות הקטנות של הלילה מתוך ידיעה ברורה שאין הוא מסוגל עוד להציל את עצמו, וכי הוא מוכן לקבל עליו כל פורענות. רגשי האשמה הפוקדים אותו על שהוא בוגד באשתו, נעשים כבדים מנשוא בעת המפגש למחרת היום עם היולדת ועם בתם שלישית שרה, הנושאת את שם אמו המנוחה. בנסיבות אלה מבקש הרבסט להשיב את המצב לקדמותו ולעקור מלבו את אהבתו הקודמת לאחות שירה.
מקובל לטעון כי דמויות הנשים הצעירות ברומן מבוססות על נשים צעירות עמן התרועע עגנון עצמו.