סוד הגן הנעלם
עלילת הספר מתחילה בתיאור חייה של הילדה האנגלייה מרי בהודו,
מרי היא ילדה עשירה ומפונקת, שהוריה מזניחים אותה ולמעשה מגדלים אותה המשרתים והאומנת שלה.
מרי מאבדת את הוריה ברעש אדמה ונשלחת לגור באחוזת דודה מצד אמה,
מר קרייבן, המתגורר ביורקשיר שבאנגליה..
. האדם היחיד שמקדיש למרי תשומת לב היא החדרנית מרתה, ובמהלך שיחותיהן היא מספרת למרי על גן נעול וחתום בחומות, שהיה הגן האהוב על גברת קרייבן, ושאותו נעל בעלה לאחר מותה, וקבר את המפתח.
במהלך שיטוטיה של מרי בגני האחוזה היא מוצאת את המפתח ולאחר מכן את הדלת לגן ונכנסת לתחומיו.
.
לאחר ביקור דודה, שומעת מרי במשך מספר לילות קולות בכי.
כשהיא מחפשת את קולות הבכי,היא מוצאת חדר סגור ובתוכו את בנו של דודה מר קרייבן.
קולין מתגלה כילד חולני מאז הולדתו, מפונק ומריר.
אביו של קולין מתעלם ממנו משום שהוא הזכיר לו את אישתו המנוחה והאהובה ומפקיר אותו לטיפול הגברת מדלוק, שרואה בו נטל, ורופא זקן, המתייחס אליו כאל נכה וכולא אותו בחדרו ובמיטתו,
.
מרי וקולין, ששניהם היו עד עכשיו בודדים מאוד, קושרים עד מהרה קשרי חיבה ורעות, וקולין מכריח את המשרתים לתת למרי לבקר אותו לעתים קרובות. במהלך הביקורים מספרת מרי לקולין על הגן הנעלם.
עם בוא האביב, עת פריחתו של הגן הנעלם, מתחילה מרי לבלות יותר ויותר זמן בגן ובעבודה עליו. קולין מתרעם על כך, שחברתו היחידה מבלה יותר זמן בגן ועם דיקון מאשר איתו,
דיקון מגיע לבקר את קולין,
השלושה יוצאים אל הגן הנעול.
,לגן יש השפעה חיובית מאוד על קולין, הנהנה ממנו מאוד, והשלושה מבקרים בגן כל פעם שמזג האוויר מרשה את זה. במקביל לתחייתו ופריחתו של הגן, פורחת חברותם של השלושה, ומצב בריאותו של קולין משתפר.
המבוגר הראשון שמגלה את סוד הילדים הוא הגנן הזקן בן ווטרסטאף, גננה החביב של אימו של קולין, שביקר בסודיות את הגן כל השנים האלו פעם או פעמיים בשנה, על ידי טיפוס על חומותיו. כאשר הוא מבקר את הגן בפעם הראשונה מאז שמרי הגיעה לאחוזה,
קולין נחוש בדעתו לשפר את מצבו, כך שבפעם הבאה שאביו יחזור ממסעותיו, יראה את קולין הולך ורץ כמו ילד נורמלי. קולין מצליח לעמוד וגם ללכת, אולם רק בן, דיקון ומרי יודעים על כך.
הסיפור מסתיים עם חזרתו של מר קרייבן לאחוזה. הוא מגיע בזמן ששלושת הילדים נמצאים בחוץ ומשחקים. מר קרייבן מוצא את עצמו נמשך לגן הנעלם, ובהגיעו לשם הוא נדהם לראות את בנו, אותו חשב לגוסס, רץ, במהלך משחק, ואף מנצח את דיקון ומרי.
הילדים לוקחים את אביו של קולין לתוך הגן, מראים לו את כל מה שעשו שם, ומספרים לו על כל מה שקרה. כאשר מר קרייבן והילדים חוזרים לאחוזה, גברת מדלוק ושאר המשרתים לא מאמינים למראה עיניהם,קולין בריא והולך, ואביו מחזיק בידיו ומאושר.