הסיפור מתחיל בתיאורם של הדרסלים, משפחה נורמלית לחלוטין באנגליה, אשר על סף מדרגות ביתם מושאר התינוק הארי פוטר. אחותה של דודה פטוניה, לילי, נישאה לג''יימס פוטר, והשניים נעשו זוג בעל עוצמה בעולם הקוסמות. הם נרצחים ע"י וולדמורט הרשע, כאשר הארי נותר עם צלקת גדולה על מצחו, ומורשת כקוסם היחיד ששרד בחיים את וולדמורט.
קוסם ראשי, אלבוס
דמבלדור, מחליט כי על הארי לגדול עם משפחת דרסלי עד שיגיע לגיל בו יוכל ללכת להוגוורטס, בית הספר לקוסמות באנגליה. בגיל 11 הארי נלקח אל
הוגוורטס ע"י שומר הסף הענק, האגריד, ומוצא את עצמו הולך לאיבוד בעולם חדש של קסם ועוצמה. האגריד לוקח את הארי לסמטת דיאגון, שם הוא פודה חלק מהירושה שלו מ''גרינגוטס'', בנק הקוסמים, ורוכש את ספרים שלו, שרביט, וחלוק מ''הקדירה הדולפת'' ו''אוליונדרס''.
ברכבת להוגוורטס, ברציף 9 ושלוש רבעים, הארי פוגש את חבריו החדשים, רון
וויזלי, והרמיוני גרנגר. כולם נדהמים לפגוש את הארי פוטר המפורסם. ברכבת הארי פוגש גם את דראקו מאלפוי, בחור אליו מפתח הארי שנאה וחוסר אמון.
בהוגווארטס, הילדים פוגשים את דמבלדור, מקגונגל, סנייפ, וקווירל, כולם קוסמים ומורים. בסעודת הפתיחה, ה''כובע הממיין'' מחליט באיזה בית יגורו הילדים, וממיין את
הרמיוני, נוויל, רון
והארי לגריפינדור, ואת דראקו מאלפוי לסלית''רין, הבית שמנוהל ע"י סנייפ, וידוע בכך, שוולדמורט חונך בו בשנים עברו. הרמיוני מעסיקה את עצמה בלימודים, רון בשח מט, והארי ע"י הכרת משפחתו ועל כוחותיו. הוא נעשה מומחה בלעוף ומרשים לו לשחק קווידיץ'' עבור הקבוצה של גריפינדור.
דראקו מאלפוי מנסה תמידית להכניס את ילדי גריפינדור לצרות, ע"י סידורם, והרחקתם ממיטותיהם בשעות הלא נכונות.יום אחד, רון והארי נתקלים בטרול ענק ומצילים את הרמיוני ממוות. מאותו הרגע, השלישיה מרגלת אחר סנייפ וקווירל, בחיפושם אחר הסודות של הוגוורטס. הם מגלים כי
אבן החכמים מוחבאת ע"י כלב בעל שלושה ראשים בהוגוורטס, וכי היא נוצרה ע"י ניקולאס פלמל והיא הסוד לחיי נצח. הם מאמינים כי סנייפ הוא האשם מאחורי הרוע, ומנסים למנוע ממנו להרוס את הארי, ואת הוגוורטס.
בינתיים, האגריד משגיח על הארי ושומר עליו. הם מבקרים את האגריד ופוגשים את דרקון המחמד שלו נורברט. נורברט גורם לבעיות לכולם, שכן דרקונים הם חיות לא חוקיות. השלושה שולחים את הדרקון לרומניה תחת גלימה שגורמת לו להיות בלתי נראה, ונתפסים מחוץ למיטותיהם בזמן שהם עושים זאת. הם מוקעים ומוענשים בריתוק, ולכל אחד מורדים 50 נקודות. כחלק מהריתוק על הילדים לעזור לנקות את היער האסור יחד עם האגריד. הם מוציאים חד קרן משוסע, כשדמו שפוך על האדמה, ומאויימים ע"י רוח רשעי. הקנטאור הטוב פירנזה מטיס את הארי הרחק מהסכנה ביער ברגע שהוא מגלה מיהו הארי.
הארי, רון והרמיוני מגלים כי וולדמורט הערים על האגריד וגרם לו למסור את השיטה לעבור את הכלב בעל שלושה הראשים בדרך לאבן החכמים. הם אצים אל מעבר לכלב, ודרך חדר הסודות כדי למנוע מוולדמורט להרוג את הארי. רון מצליח להעביר את כולם דרך לוח השח-מט הקסום במימדי הענק, בעוד שהרמיוני פותרת את החידה אשר מאפשרת להארי להגיע לחדר הסופי מתחת לפני האדמה. הוא פוגש במראת קסמים, אותה המראה אשר מראה את חלומותיו ושאיפותיו של האדם אשר מביט בה.
הוא פוגש את קווירל בחדר ללא הגמגום שלו. הוא מודה כי הינו מארח את וולדמורט וכי מנסה למנוע את עזיבתו. הארי רואה פנים על ראשו של קווירל - זה וולדמורט, והוא רוצה להשתמש בהארי כדי להשיג את האבן ולהורגו. הארי מגלה את האבן בכיסו ומנסה להרוג את וולדמורט/קווירל עד שהוא מתעלף.
הארי מתעורר במרפאה לברכותיו של דמבלדור. הוא הציל את האבן, את הוגוורטס ואת חייו שלו. לאור גבורתו, וגבורתם של הרמיוני, רון ונוויל, גריפינדור זוכים בגביע הבית של השנה. על הארי לשוב לדרסליים למשך הקיץ, אך הוא מצפה לקראת הקסם אותו ילמד ויתאמן על בעתיד.
סקירות נוספות אודות הארי פוטר ואבן החכמים